Aastal 1936 on Škoda esimesel kohal oma riigi autotootjatest ja positiivseid vastukajasid tuleb ka teistest riikidest. Teise maailmasõja ja okupatsiooni alates keskendub tootmine Saksamaa vajadustele. Sõja lõpul satub tehas pommirünnakute alla.
Škoda saavutab Monte Carlo rallil teise koha Popular Sportiga – hiljem saab selle mudeli nimeks Monte Carlo. Popular võidab rallisid ka Aafrikas, Balkanimaades ja Uruguais. Mudelivalikut laiendatakse keskklassi mudeliga Škoda Favorit.
Välja tuuakse Škoda Popular 995. See „rahva-Škoda“ (tšehhi keeles „Škoda pro lid“) saab hüüdnimeks Liduška – naisenime, mis on tuletatud sõnast lidový (rahva-). Tsiviiltootmine peatub teise maailmasõja alates. Koge ettevõtet juhib nüüd Reichswerke Hermann Göring AG.
Autotööstus lülitub sõjaaja tootmisele. Lisaks relvakomponentidele tähendab see põhiliselt mitmesuguseid veokärusid, nelikveolisi sõidukeid ja raskevedukeid RSO.
Esimesed uuendatud Škoda Popularid väljuvad tugevalt kannatada saanud Mladá Boleslavi tehasest. Riigi majandus läheb sotsialistliku režiimi juhtimise alla. Kevadel 1945 riigistatakse suurettevõtted, sealhulgas Škoda tehased Plzeňis ja ASAP Mladá Boleslavis.