1986 - 1995
1987. aastal läheb tootmisse kauaoodatud täiesti uus mudel Škoda Favorit. Märtsis 1991 saab alguse ettevõtte partnerlus Volkswageniga. Isegi firma nimi on uus: autotehas Škoda, ühisettevõte.
1987
Algab mudeli Favorit seeriatootmine. Üleminek kaasaegsele esimootori, esirattaveo ja kompaktse viieukselise kerega kontseptsioonile toimub rekordilise ajaga. Elegantse kere disaini autor on Itaalia disainer Nuccio Bertone.
1988
Škoda Favorit jõuab turule, saavutades müügiedu nii Tšehhoslovakkias kui ka välismaal.
1990
1989. aastal aset leidnud poliitilise režiimi muutuse järel hakkab ettevõte otsima tugevat välispartnerit, mis aitaks kujundada Škoda rahvusvaheliselt konkurentsivõimeliseks turumajanduse tingimustes. Detsembris 1990 valib Tšehhoslovakkia valitsus partneriks Volkswageni.
1991
Tegevust alustab Škoda, automobilová a. s. ning saab Volkswageni, Audi ja Seati kõrval Volkswageni kontserni neljandaks margiks.
1992
Kestab protsess toodangu kvaliteedi tõstmiseks ning kõik Škoda autod saavad kütuse ühepunkti-sissepritse ja juhitava katalüüsneutralisaatori.
1994
Rohkem kui miljoni valminud auto järel asendatakse Škoda Favorit mudeliga Felicia, mis on esimene ühiselt konstrueeritud sõiduk pärast Volkswageniga liitumist. Aastaks 2001 toodab ettevõte üle 1,4 miljoni Felicia.
1995
Mladá Boleslavis pannakse nurgakivi uuele tootmistsehhile tulevase keskklassi sõiduki Octavia tarvis.