1987. aastal läheb tootmisse kauaoodatud täiesti uus mudel Škoda Favorit. Märtsis 1991 saab alguse ettevõtte partnerlus Volkswageniga. Isegi firma nimi on uus: autotehas Škoda, ühisettevõte.
Algab mudeli Favorit seeriatootmine. Üleminek kaasaegsele esimootori, esirattaveo ja kompaktse viieukselise kerega kontseptsioonile toimub rekordilise ajaga. Elegantse kere disaini autor on Itaalia disainer Nuccio Bertone.
Škoda Favorit jõuab turule, saavutades müügiedu nii Tšehhoslovakkias kui ka välismaal.
1989. aastal aset leidnud poliitilise režiimi muutuse järel hakkab ettevõte otsima tugevat välispartnerit, mis aitaks kujundada Škoda rahvusvaheliselt konkurentsivõimeliseks turumajanduse tingimustes. Detsembris 1990 valib Tšehhoslovakkia valitsus partneriks Volkswageni.
Tegevust alustab Škoda, automobilová a. s. ning saab Volkswageni, Audi ja Seati kõrval Volkswageni kontserni neljandaks margiks.
Kestab protsess toodangu kvaliteedi tõstmiseks ning kõik Škoda autod saavad kütuse ühepunkti-sissepritse ja juhitava katalüüsneutralisaatori.
Rohkem kui miljoni valminud auto järel asendatakse Škoda Favorit mudeliga Felicia, mis on esimene ühiselt konstrueeritud sõiduk pärast Volkswageniga liitumist. Aastaks 2001 toodab ettevõte üle 1,4 miljoni Felicia.
Mladá Boleslavis pannakse nurgakivi uuele tootmistsehhile tulevase keskklassi sõiduki Octavia tarvis.