Aprillis 1996 tuuakse avalikkuse ette täiesti uus mudel Škoda Octavia. Kolm aastat hiljem järgneb Škoda Fabia ja aastal 2001 uus luksuslik kõrgema keskklassi auto Škoda Superb. Rajatakse tootmistsehhid Venemaal, Hiinas ja Indias.
Mladá Boleslavis valmib miljones Škoda sõiduk pärast Volkswageniga ühisettevõtte loomist. Tutvustatakse Škoda Octaviat. See on margi teine mudelkond ning sillutab teeb ettevõtte edule järgnevatel aastatel.
Esimest korda valmistab Škoda aastas üle 400 000 sõiduki, neid eksporditakse 70 riiki.
Škoda hakkab WRC-autoga osalema autoralli MM-võistlustel. Frankfurdi autonäitusel esitletakse täiesti uut Škoda Fabiat ning aasta hiljem täiendab seda Fabia Combi.
Škoda asutab Mladá Boleslavis Tšehhi Vabariigi esimese ettevõttele kuuluva ülikooli –Škoda Auto ülikooli.
Škoda Octavia RS on margi seni kiireim seeriaauto. Traditsioonilise Superbi nime all esitleb Škoda uut luksusmudelit ja taastab sellega kõrgema klassi autode tootmise, mis kestis aastail 1934 kuni 1949. Indias Aurangabadis avab Škoda oma esimese tehase väljaspool Euroopat.
Genfi autonäitusel tuuakse välja Fabia WRC.